Ders Öğretim Planı
Dersin KoduDersin AdıDersin TürüYılYarıyılAKTS
9101026542010Moleküler SistematikSeçmeli128
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Amacı
Bu dersin amacı tür ve daha yüksek taksonların sınıflandırılmasında DNA tabanlı yaklaşımların ve uygulamalarının öğretilmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Bekir Keskin, Doç. Dr. Nurşen Alpagut Keskin
Öğrenme Çıktıları
1Moleküler yönteme uygun grubu seçilebilme
2Belirteçleri doğru şekilde belirleyebilme
3Uygulamaları dikkatlice yapılabilme
4Programları manuale uygun kullanılabilme
5Analiz sonuçlarını yorumlayabilme
6Moleküler verileri morfolojik verilerle karşılaştırılabilme
7Veri setini coğrafi bilgi sistemi ile örtüştürebilme
Öğrenim Türü
Örgün Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Ders konuları moleküler sistematik araştırmalarda kullanılan proje dizaynı ve örnekleme, moleküler belirteçler ve PCR ile çoğaltılması, elde edilen DNA dizilerinin düzenlenmesi ve hizalanması, moleküler filogenetik analizlerle güncel yaklaşımları içerecektir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
HaftaTeorikUygulamaLaboratuvar
1Proje Dizaynı ve ÖrneklemeÖrnek seçimi, etiketleme
2Örneklerin DNA izolasyonuDNA izolasyonu I
3Moleküler BelirteçlerDNA izolasyonu II
4Gen fragmanlarının PCR ile çoğaltılmasıPCR uygulamaları için malzeme hazırlığı
5PCR ürünlerinin Elektroforez ile gözlenmesiPCR uygulamaları
6DizilemeElektroforez uygulamaları
7DNA veri dosyaları ve okumaSequencher ve Geneious programları
8Dosya düzenleme ve hizalamaClustal ve Mesquite programları
9ArasınavArasınav
10Filogenetik Analizler için modellemeJModeltest, DnaSP, TCS programları
11Filogenetik analizler I: ParsimoniPAUP programı
12Filogenetik analizler II: LikelihoodCIPRES platformu kullanımı
13Filogenetik analizler III: Bayesian YaklaşımMrBayes programı
14Filogenetik analizler III: Bayesian YaklaşımBeast programı
15FilocoğrafyaGenGIS programı
16FilocoğrafyaGenGIS programı
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Hillis, D.M., Moritz, C., and Mable, B.K. 1996. Molecular Systematics, 2nd Edition. Sinauer Associates, Sunderland MA. http://mrbayes.sourceforge.net/manual.php Drummond AJ, Rambaut A (2007) Beast: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. BMC Evol Biol 7: 214. Drummond AJ, Suchard MA, Xie D, Rambaut A (2012) Bayesian phylogenetics with beauti and the beast 1.7. Mol Biol Evol 29: 1969–73. Felsenstein J (1981) Evolutionary trees from DNA sequences: A maximum likelihood approach. Journal of Molecular Evolution 17: 368–376. Beerli P (2006) Comparison of bayesian and maximum-likelihood inference of population genetic parameters. Bioinformatics 22: 341–345.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetDeğer
Ara Sınav170
Laboratuvar Sınavı130
TOPLAM100
Yarıyıl(Yıl) Sonu EtkinliklerAdetDeğer
Final Sınavı1100
TOPLAM100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri60
TOPLAM100
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav122
Final Sınavı122
Derse Katılım14228
Laboratuvar14228
Deney7642
Rapor Hazırlama7642
Rapor Sunma717
Proje Hazırlama12020
Proje Sunma122
Proje Tasarımı /Yönetimi12020
Bireysel Çalışma14114
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma144
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma188
Laboratuvar Ara Sınavı122
Laboratuvar Sınavı122
Performans14114
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)237
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10
ÖÇ15555555555
ÖÇ24155555555
ÖÇ35354555555
ÖÇ45154555555
ÖÇ55355555555
ÖÇ64555555554
ÖÇ75455555555
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek
 
Ege University, Bornova - İzmir / TURKEY • Phone: +90 232 311 10 10 • e-mail: intrec@mail.ege.edu.tr