Ders Öğretim Planı
Dersin KoduDersin AdıDersin TürüYılYarıyılAKTS
402023422002MİKROBİYAL FİZYOLOJİZorunlu365
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Prokaryotlar aerobik ve anaerobik, karanlık ve ışık olan, düşük ve yüksek basınçlı, düşük ve yüksek tuz konsantrasyonlu ve uç asit ve alkali hemen hemen tüm çevrelerde bulunabilirler. Bunun bir sonucu olarak prokaryotik mikroorganizmalar metabolizma ve fizyolojileri bakımından tahmin edilmesi güç çeşitlilik gösterirler. Litotrofi ve azot fiksasyonu gibi bazı fizyolojik tipler sadece prokaryotların bazı gruplarında görülür. Bu dersin amacı ise prokaryotların farklı gruplarındaki metabolik çeşitlilik hakkında genel bir bakış açısı oluşturmaktır
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof.Dr.İhsan Yaşa
Öğrenme Çıktıları
1Mikrobiyal metabolik çeşitliliğin teori ve uygulamalarında temel kavramları kazanabilme ve gerekli bağlantıları kurabilme
2Uygulamalı bilimlerde mikrobiyal metabolik çeşitliliğini önemini kavrayabilme.
3Mikrobiyal metabolik çeşitliliğin teori ve uygulamaları endüstriye, tarıma, sağlık ve çevre problemlerine uygulayabilme
4Canlılığı tehdit eden koşullarda oluşan mikrobiyal adaptasyonları öğrenebilme
5Ülkemiz mikrobiyal biyoçeşitliliğinin korunması ve sürdürülebilmesinin önemini anlamlandırabilme ve değerlendirebilme
6 Konuyla ilgili güncel yayınları takip edebilme
7Mikrobiyal metabolik çeşitlilik hakkında elde ettiği bilgileri sözlü ya da yazılı aktarabilme.
8Deneysel mantık, analitik düşünce, nicel analiz ve problem çözümü arasındaki bağlantının kurulmasını sağlayabilme
Öğrenim Türü
Örgün Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Glukozun pürivata oksidasyonu (EMP, PP ve ED yol izleri); prokaryotlarda enerji eldesi; asidofil ve alkalifillerde PMF, anaerobik solunum,(denitrifikasyon, metal indirgenmesi, sülfat indirgenmesi, metan oluşumu, homoasetogenesis,); kemolitotrofi (nitrifikasyon, anammox, hidrojen ve kükürt bileşiklerinin oksidasyonu), anaerobik fotosentez, azot ve sülfat asimilasyon, yüksek sıcaklık, tuz altında yaşayan archael türlerde yaşam stratejileri ve mikrobiyal büyümenin kinetiği
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
HaftaTeorikUygulamaLaboratuvar
1Bakteriyal fizyoloji ve metabolizmaya giriş: Prokaryotlarda yapı-fonksiyon ilişkisi ve benzersiz metabolik proseslerin önemi Asimilatif ve disimilatif Yol izleri
2Membranda madde taşınımı ve protein salınımı:İyonophorlar,genel salgılama sistemleri ve ABC taşınım yoliziMikrobiyal beslenme tipleri
3Prokaryotlarda glikolizis çeşitliliği: EMP,PP and ED yol izleri; TCA döngüsüO/F ve Sitokrom oksidaz testi; Anaerobik kültür teknikleri
4Elektron taşınımı ve oksidatif fosforilasyon: Serbest oluşum enerjisinden ΔG0’,bir oks-red reaksiyonunun serbest enerjisiMikroorganizmanın büyümesi üzerine çevrenin etkisi
5Biyosentez ve mikrobiyal büyüme:Sülfat asimilasyonu,aminoasit.,nukleotid velipit biyosentezi,sakkarit ve türevlerinin sentezi,hücre bölünmesi ve büyüme verimi.Homo –heterolaktik fermantasyonlar
6Glukoz dışındaki substratlarda gerçekleşen heterotrofik metebolizma:polimerlerin hidrolizi,organik ve a.a.kullanımı,alifatik ve aromatik bileşiklerin oksidasyonuBiyolojik Tampon hazırlama
7Öğrenci SunumlarıProtein tayin yöntemleri (Lowry)
8ArasınavArasınav
9Glukoz dışındaki substratlarda gerçekleşen heterotrofik metebolizma:Metan ve metanol kullanımı,tam olmayan oksidasyonlarProtein tayin yöntemleri (Bradford )
10Anaerobik fermentasyon: Moleküler oksijen ve anaeroblar, etanol, laktat fermentasyonu, bütirat ve aseton-bütanol-etanol karışık asit, bütandiol, propionat fermentasyonu. A.a ve dikarboksilik asitlerin fermentasyonuAlfa-Amilaz(Proteaz) aktivitesinin Ölçümü
11Anaerobik fermentasyon: Denitrifikasyon, Metal indirgenmesi, sulfidogenesis, metanogenesis, homoacetogenesis, sintrofik ilişkiler, nitrat indirgenmesi.Enzim saflaştırma
12Kemolitotrofi: Nitrifikasyon, sülfür ferro demir ve hidrojen oksidasyonu, kemolitotroflarda CO2 fksasyonuEnzim aktivitesi ve stabilitesi üzerine pH etkisi
13Prokaryotlarda fotosentez: Fotosentetik mikroorganizmalar, pigmentler ve yapılar, ışık reaksiyonları, fototroflarda karbon metabolizması.Enzim aktivitesi ve stabilitesi üzerine sıcaklığın etkisi
14Metabolik regülasyon: N2 fiksasyonunun biyokimyası ve regülasyonu, global regülasyon: çevresel strese karşı oluşturulan yanıtlar.Mikrobiyal Büyüme ve Kinetiği
15Öğrenci SunumlarıÖğrenci Sunumları
16Final SınavıFinal Sınavı
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
DERS KİTABI: Kim, B. H.and Gadd, G.M. “Bacterial Physiology and Metabolism” Cambridge University Press,The Edinburgh Building, Cambridge CB2 8RU, UK, 2008. YARDIMCI KİTAPLAR: Dworkin,M. , Falkow, S., Rosenberg, E.,Schleifer, K.H., Stackebrandt ,E. “The Prokaryotes Volume 2: Ecophysiology and Biochemistry” Springer Science-Business Media, LLC. ,2006 Larry L., Barton. “Structural and Functional Relationships in Prokaryotes”. Springer Science-Business Media, Inc. ,2005
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetDeğer
Laboratuvar130
Ev Ödevi270
TOPLAM100
Yarıyıl(Yıl) Sonu EtkinliklerAdetDeğer
Final Sınavı1100
TOPLAM100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri60
TOPLAM100
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav11212
Final Sınavı11212
Derse Katılım14228
Uygulama/Pratik14228
Takım/Grup Çalışması339
Rapor Hazırlama236
Proje Sunma212
Makale Kritik Etme4312
Bireysel Çalışma12224
Okuma12224
Rapor212
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)159
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14
ÖÇ154 55 3 5 4   
ÖÇ235  45 454  32
ÖÇ3  44  5 5455  
ÖÇ454  54 4 55443
ÖÇ5  5 4 5 5   2 
ÖÇ65  4 4 55 44 5
ÖÇ75 4   5  4441 
ÖÇ8              
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek
 
Ege University, Bornova - İzmir / TURKEY • Phone: +90 232 311 10 10 • e-mail: intrec@mail.ege.edu.tr