Ders Öğretim Planı
Dersin KoduDersin AdıDersin TürüYılYarıyılAKTS
9101045842013Moleküler Simülasyon IISeçmeli128
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Amacı
Dersin amacı, simülasyonların ve analizlerinin nasıl yapılacağını öğretmek, ileri simülasyon yöntemlerini açıklamak ve simülasyonların basit ve kompleks sıvılar için bazı uygulamalarını vermektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Yard.Doç.Dr. E. Mine Çapar
Öğrenme Çıktıları
1Moleküler dinamik ve Monte Carlo bilgisayar simülasyon yöntemlerinin püf noktalarını öğrenmek.
2Simülasyon sonuçlarını analiz edebilme.
3Simülasyon yöntemlerini basit ve kompleks sıvılara uygulayabilme.
Öğrenim Türü
Örgün Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Simülasyonun püf noktaları, başlangıç konfigürayonu ve ilk hızlar, sistemi dengeye getirme, simülasyonun oluşturulması, sonuçların analizi, İleri simülasyon teknikleri, denge-dışı moleküler dinamik, Brownian dinamik, kuantum simülasyonları, bazı uygulamalar.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
HaftaTeorikUygulamaLaboratuvar
1Simülasyonun püf noktaları-1: kuvvet, enerji ve basınç hesabı, kaydırılmış kuvvet potansiyelleri.
2Simülasyonun püf noktaları-2: Uzun mesafeli kuvvetlerin hesabı için Ewald toplamı, reaksiyon alan metodu, iyonik sistemler için particle-particle ve particle-mesh metodu.
3Başlangıç konfigürayonu, ilk hızlar, dengeye getirme.
4Simülasyonun oluşturulması-1: input/output dosyaları, yapı dosyaları.
5Simülasyonun oluşturulması-2: simülasyon detayları, program yapısı.
6Sonuçların analizi-1: zaman korelasyon fonksiyonları, hata tahminleri.
7Sonuçların analizi-2: sonuçların düzeltilmesi.
8Ara sınav
9İleri simülasyon teknikleri-1: Serbest enerji hesabı
10İleri simülasyon teknikleri-2: smarter Monte Carlo, sabit-sıcaklıkta moleküler dinamik, sabit-basınçta moleküler dinamik.
11Denge-dışı moleküler dinamik-1: makaslama akışı, genişleme ve daralma
12Denge-dışı moleküler dinamik-2: ısı akışı, difüzyon, diğer pertürbasyonlar.
13Brownian dinamik.
14Kuantum simülasyonları.
15Bazı uygulamalar: sıvı damlası, erime, sıvı kristaller, dönme dinamiği, arayüzler.
16Final
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. Michael P. Allen and Dominic J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press-Oxford, 1991. 2. Daan Frenkel and Berend Smith, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, 2002.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetDeğer
TOPLAM0
Yarıyıl(Yıl) Sonu EtkinliklerAdetDeğer
TOPLAM0
TOPLAM0
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav122
Final Sınavı122
Derse Katılım14342
Bireysel Çalışma148112
Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma11010
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma13030
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma13030
Ev Ödevi11010
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)238
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11
ÖÇ1           
ÖÇ2           
ÖÇ3           
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek
 
Ege University, Bornova - İzmir / TURKEY • Phone: +90 232 311 10 10 • e-mail: intrec@mail.ege.edu.tr