Ders Öğretim Planı
Dersin KoduDersin AdıDersin TürüYılYarıyılAKTS
9101036342008Protein Yapı ve Dinamiklerinde Bilgisayara Dayalı YöntemlerSeçmeli128
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Amacı
Protein yapı ve dinamiklerinin tayininde kullanılan hesapsal yöntemlerin ve yazılımların öğretilmesi.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Cenk Selçuki
Öğrenme Çıktıları
1Çıkan hesaplama sonuçlarını yorumlayabilme
2Anlatılan hesapsal yöntemler arasındaki temel benzerlik ve farklılıkların anlaşılması
3Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme
4Yöntemleri kullanmak için gerekli olan yazılımları kullanma becerisinin kazanılması
5Üç boyutlu görüş ve düşünce yeteneklerinin gelişmesi
6Hesapsal bilim ve teknoloji terminolojisinin kavranması
7Protein sistemleri ile ilgili çalışmalarda hangi hesapsal yöntemin kullanılacağına karar verme yetisi kazanılması
8Protein yapı ve dinamiklerinin tayininde kullanılan hesapsal yöntemlerin temel prensiplerinin anlaşılması
Öğrenim Türü
Örgün Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler modelleme ve uygulama alanlarının genel tanımı. Biyoinformatik’e giriş. Genomik’e giriş. SCOP. CASP. Protein yapı ve dinamiklerinde kullanılan hesapsal yöntemler. Protein dizi analizi ve buna bağlı yapı tayininde izlenen yöntemler.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
HaftaTeorikUygulamaLaboratuvar
1Moleküler Modelleme ve Uygulama Alanlarının Genel Tanıtımı
2Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Moleküler Mekanik)
3Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Moleküler Dinamik)
4Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Monte Carlo)
5Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Yarı-ampirik Yöntemler)
6Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) Yöntemleri)
7Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Ab initio Yöntemleri)
8Arasınav
9Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (Konformasyonel Analiz)
10Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (Homoloji Modellemesi)
11Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (Threading, Lattice Modeli ve Ramachandran Diyagramları)
12Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (CASP, SCOP ve diğer veri tabanlarının sınıflandırma sistemleri)
13Genomik’e Giriş
14Biyoinformatik’e Giriş
15Dönem Projesi Sunumu
16Final sınavı
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
A. R. Leach, Molecular Modelling Principles and Applications, 2. Ed., Prentice Hall, (2001) T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer, (2002) K. I. Ramachandran, G. Deepa, K. Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling-Principles and Applications, Springer-Verlag, (2008) A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc., (1991)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetDeğer
TOPLAM0
Yarıyıl(Yıl) Sonu EtkinliklerAdetDeğer
TOPLAM0
TOPLAM0
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav122
Final Sınavı122
Derse Katılım14342
Uygulama/Pratik7428
Rapor Hazırlama12020
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma13030
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma14545
Okuma14570
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)239
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12
ÖÇ1 5 4544  5 4
ÖÇ244445544 435
ÖÇ3543 455 4  4
ÖÇ44 4 45   4 5
ÖÇ54345 443  54
ÖÇ6454 4 43 4 3
ÖÇ7      5 5  5
ÖÇ8            
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek
 
Ege University, Bornova - İzmir / TURKEY • Phone: +90 232 311 10 10 • e-mail: intrec@mail.ege.edu.tr