Ders Öğretim Planı
Dersin KoduDersin AdıDersin TürüYılYarıyılAKTS
9101036412011Biyokataliz-Çok Ölçekli Kuantum ModelleriSeçmeli117
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Amacı
Biyokataliz tanımı ve kavramının öğretilmesi. Çok ölçekli kuantum modellerinin biyokatalizde kullanımının anlatılması.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Assoc. Prof. Dr. Cenk Selçuki
Öğrenme Çıktıları
1Yöntemleri kullanmak için gerekli olan yazılımları kullanma becerisinin kazanılması
2Biyokatalizle ilgili temel prensiplerinin anlaşılması
3Biyokataliz ile ilgili çalışmalarda hangi hesapsal yöntemin kullanılacağına karar verme yetisi kazanılması
4Çıkan hesaplama sonuçlarını yorumlayabilme
5Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme
6Biyokatalizde kullanılan hesapsal yöntemlerle ilgili temel prensiplerinin anlaşılması
7Hesapsal bilim ve teknoloji terminolojisinin kavranması
Öğrenim Türü
Örgün Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Biyokataliz: tanım ve kavramlar. Biyokatalizde ihtiyaçlar ve sorunlar. Kuantum metodları. Klasik metodlar. Hibrit metodların özellikleri: avantajları ve dezavantajları. QM/MM, MD/QM, ONIOM ve ilgili metodlar. Biyokatalize uyarlamalar. Protonlanma dengesinin modellenmesi. Ribozim katalizinde çok ölçekli simulasyonlar.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
HaftaTeorikUygulamaLaboratuvar
1Biyokataliz: tanım ve kavramlar
2Biyokatalizde ihtiyaçlar ve sorunlar
3Moleküler Modelleme ve Biyokataliz
4Klasik Mekanik Metodları
5Klasik Mekanik Metodları
6Kuantum Mekaniksel Metodlar
7Kuantum Mekaniksel Metodlar
8Arasınav
9Hibrit metodların özellikleri: avantajları ve dezavantajları
10QM/MM
11MD/QM
12ONIOM ve ilgili metodlar
13Biyokatalize uyarlamalar: Protonlanma dengesinin modellenmesi
14Ribozim katalizinde çok ölçekli simulasyonlar
15Dönem Projesi Sunumu
16Final sınavı
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
York, D. M., Lee, T.-S., Eds. 2009. “Multiscale Quantum Models for Biocatalysis-Modern Techniques and Applications”, Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics Volume 7, Series Ed. J. Leszczynski, Springer, Dordrecht.¬¬ Canuto, S., Ed. 2008. “Solvation Effects on Molecules and Biomolecules-Computational Methods and Applications”, Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics Volume 6, Series Ed. J. Leszczynski, Springer, Dordrecht.¬¬ Warshel, A., 1991. “Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions”, John Wiley & Sons, Inc. Fessner, W.-D., Anthonsen T., Eds. 2009. “Modern Biocatalysis”, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetDeğer
TOPLAM0
Yarıyıl(Yıl) Sonu EtkinliklerAdetDeğer
TOPLAM0
TOPLAM0
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav122
Final Sınavı122
Derse Katılım14342
Uygulama/Pratik14342
Rapor Hazırlama11010
Proje Hazırlama13030
Proje Sunma122
Bireysel Çalışma14228
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma12020
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma13030
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)208
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12
ÖÇ1543 44      
ÖÇ2      5 5  5
ÖÇ34454 444344 
ÖÇ4444 44 5 445
ÖÇ5444455444435
ÖÇ6 5 4544 45 4
ÖÇ74345 4434 54
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek
 
Ege University, Bornova - İzmir / TURKEY • Phone: +90 232 311 10 10 • e-mail: intrec@mail.ege.edu.tr