Ders Öğretim Planı
Dersin KoduDersin AdıDersin TürüYılYarıyılAKTS
9102026242008İleri FitobakteriyolojiSeçmeli128
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, bitki patojeni ve yararlı bakterilerin modern tanılama tekniklerini kullanarak ileri düzeyde tanısını gerçekleştirmek, bitki patojeni bakterilerin hastalık oluşturma mekanizmalarını tartışmak, bakteri metabolizmasını tanıtmak ve öğrencilerin bu metodları kullanarak bu konudaki bir sorunun çözümü için testler yürütmesini ve rapor düzenlemesini sağlamaktır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Hatice ÖZAKTAN, Assoc. Prof. Dr. Hüseyin TÜRKÜSAY
Öğrenme Çıktıları
1Modern teşhis ve tanılama yöntemleri ile çalışabilme ve ekipmanları kullanabilme
2Konu ile ilgili çalışmalar düzenleyebilme ve sonuçları raporlayabilme
3 Farklı özellikleri dikkate alınarak bitki patojeni ve yararlı bakterileri ayırt edebilme
4Bitki patojeni bakterilerin hastalık oluşturma mekanizmasını teorik ve deneysel olarak algılayabilme
5Bitki örneklerindeki patojenik olan ve olmayan bakterilerin modern teşhis ve tanılama yöntemlerini kullanabilme ve kıyaslayabilme
6Bakterilerin metabolizmasını ve bitki patolojisi açısından işlevlerini öğrenebilme
7Bakteriyel metabolitleri kalitatif ve kantitatif olarak saptayabilme
Öğrenim Türü
Örgün Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Ders, Lisansüstü eğitime devam eden ve Lisansüstü eğitimde Temel Bakteriyoloji dersini almış olan öğrencilere yöneliktir.
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu dersin Birinci bölümünde, Biyokimyasal, serolojik ve moleküler ileri tanı tekniklerini teorik ve uygulamalı olarak tanıtmak hedeflenmektedir. İkinci Bölümde; bitki patojeni bakterilerin patogenezisi, önemli bakteriyel hastalık etmenleri temel alınarak yine teorik ve uygulamalı olarak tanıtılmaktadır. Üçüncü Bölümde ise; bitki patojeni bakterilerin hastalık oluşumunda rol oynayan metabolitleri teorik ve deneysel anlamda anlatılmaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
HaftaTeorikUygulamaLaboratuvar
1Dersin tanıtımı, Bitki patojeni bakterilerin özellikleri ve sınıflandırılması, bakteri tanısı konusunda genel bilgilerKonuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
2bakteri tanısında kullanılan modern yöntemler • biyokimyasal ve metebolik özelliklerine göre bakterilerin tanısı (API, BIOLOG Tanı kitleri kullanılarak) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
3bakteri tanısında kullanılan modern yöntemler • protein ve lipopolisakkarit analizlerine göre bakterilerin tanısı ( sds page, southern blot, northern blot analizi) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
4bakteri tanısında kullanılan modern yöntemler • serolojik yöntemlerle bakterilerin tanısı (antijen ve antiserum eldesi, serolojik tanı testlerinin genel özellikleri) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
5bakteri tanısında kullanılan modern yöntemler serolojik yöntemlerle bakterilerin tanısı (ımmuno izolasyon tekniği, Immunofluoresens tekniği, ELISA tekniği) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
6bakteri tanısında kullanılan modern yöntemler • yağ asitleri profillerine göre bakterilerin tanısı • bakteriyofaj ile tanıKonuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
7bakteri tanısında kullanılan modern yöntemler • nükleik asit temelli mikrobiyal tanı yöntemleri • DNA ekstraksiyonu • PCR temelli metodlar (Klasik PCR) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
8Arasınav
9bakteri tanısında kullanılan modern yöntemler • nükleik asit temelli mikrobiyal tanı yöntemleri • PCR temelli metodlar (REP PCR, Bio PCR,Real Time PCR) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
10bitki patojeni bakterilerde hastalık oluşumu (patogenesis), patojenisite testleri • inokulum hazırlığı • Koparılmış bitki organlarında patojenisite testleri • Kanser patojenleri için patojenisite testleri • Yaprak, gövde, meyve vb. leke ve yanıklık patojenleri için patojenisite testleri Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
11bitki patojeni bakterilerde hastalık oluşumu (patogenesis), patojenisite testleri • Solgunluk patojenleri için patojenisite testleri • Yumuşak çürüklük patojenleri için patojenisite testleri • Ur, gal oluşturan bakteriler için patojenisite testleri Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
12bitki patojeni bakterilerin hastalık oluşumunda rol oynayan metabolitlerinin saptanması (pato-fizyoloji) • Bakteriyel Enzimler (Pektolitik, proteolitik) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
13bitki patojeni bakterilerin hastalık oluşumunda rol oynayan metabolitlerinin saptanması (pato-fizyoloji) • Bakteriyel toksinler, • Bakteriyel Hormonlar (IAA, Sitokinin) Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
14bitki patojeni bakterilerin hastalık oluşumunda rol oynayan metabolitlerinin saptanması (pato-fizyoloji) • Bakteriyel Pigmentler (Siderofor, Xanthin) • Bakteriyel buz Çekirdeği Konuyla ilgili okuma ve deneysel uygulama
15Dönem projesi sunumları
16Final Sınavı
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Fahy,P.C., Persley,G.J., 1983. PLANT BACTERIAL DISEASES. A Diagnostic Guide. AP, 393s. Gnanamanickam,S.S., 2006. PLANT-ASSOCIATED BACTERIA. Springer Pub., 712 s. Klement,Z., Rudolph,K., and Sands,D.C., 1990. METHODS IN PHYTOBACTERIOLOGY. Akademiai kiado, Budapest, 568s. Lelliott,R.A., and Stead,D.E., 1987. METHODS IN PLANT PATHOLOGY, VOLUME 2: Methods for the Diagnosis of Bacterial Diseases of Plants. Blackwell Scientific Publ., 216s. Saygılı,H., Şahin,F., Aysan,Y., 2006. FİTOBAKTERİYOLOJİ. Meta Basımevi, 530s. Schaad, N.W., Jones,J.B.,Chun,W., 2001. Laboratory Guide for Identification of PLANT PATHOGENIC BACTERIA. APS Press, third edition,373s. Watson et al., 2004. MOLECULAR BIOLOGY OF THE GENE. Fifth Edition, CSHL Press:711s
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetDeğer
TOPLAM0
Yarıyıl(Yıl) Sonu EtkinliklerAdetDeğer
TOPLAM0
TOPLAM0
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Quiz414
Derse Katılım14228
Uygulama/Pratik14228
Örnek Vaka İncelemesi4936
Proje Hazırlama13030
Bireysel Çalışma14342
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma13030
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma14040
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)238
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

1

2

3

4

5

6

7

8

9
ÖÇ1         
ÖÇ2         
ÖÇ3         
ÖÇ4         
ÖÇ5         
ÖÇ6         
ÖÇ7         
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek
 
Ege University, Bornova - İzmir / TURKEY • Phone: +90 232 311 10 10 • e-mail: intrec@mail.ege.edu.tr